1、合作开发合同中当事人承担的义务相类似，又都有权要求对方履行自己的义务；委托开发合同中委托人的主要义务是研究开发人的权利，研究开发人的主要义务则是委托人的主要权利。
2、合作开发合同中当事人的目标基本一致，权利义务关系共同；委托开发合同中研究开发人的目的是取得报酬，委托人的目的是取得科技成果。
3、合作开发合同是当事人共同投资、共同进行研究开发工作；委托开发合同则只是一方负责投资，另一方负责研究开发工作。
另外，《最高人民法院关于审理技术合同纠纷案件适用法律若干问题的解释》第19条规定，“分工参与研究开发工作”，包括当事人按照约定的计划和分工，共同或者分别承担设计、工艺、试验、试制等工作。技术开发合同当事人一方仅提供资金、设备、材料等物质条件或者承担辅助协作事项，另一方进行研究开发工作的，属于委托开发合同。
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